ウイルス感染研究部門
- 分子遺伝学分野（藤田尚志、加藤博己）
- 生命科学研究科（統合生命科学専攻 細胞機能動態学）
- ウイルス制御分野（安永純一朗、志村和也）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 ウイルス感染症学）
- RNAウイルス分野（朝長啓造）
- 生命科学研究科 （高次生命科学専攻 生命動態制御学）
- 微細構造ウイルス学分野（野田岳志、中野雅博）
- 生命科学研究科（統合生命科学専攻 微細構造ウイルス学）
- がんウイルス分野（酒井博幸、柳川伸一）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 腫瘍ウイルス生物学）
理学研究科（化学専攻 生体分子動態化学）
- がんウイルス分野（土方誠）
- 生命科学研究科 （高次生命科学専攻 生命動態制御学）
- 細胞制御分野（杉田昌彦、森田大輔）
- 生命科学研究科 （高次生命科学専攻 高次細胞制御学）
- 免疫制御分野（生田宏一、原崇裕、崔広為）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 免疫制御）
薬学研究科（薬科学専攻 免疫制御学）
生命科学研究科（研究指導）
- 感染防御分野（竹内理、三野亨史、植畑拓也）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 感染防御生物学）
再生組織構築研究部門
- 細胞機能調節学分野（細川暢子）
- 理学研究科（生物科学専攻 生物物理学）
医学研究科（医学・医科学専攻 細胞機能調節学）
- 細胞機能調節学分野（平芳一法）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 細胞機能調節学）
- 細胞機能調節学分野（藤本真慈）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 細胞機能調節学）
- 生体材料学分野（田畑泰彦、城潤一郎）
- 工学研究科（高分子化学専攻 医用高分子）
- 再生増殖制御学分野（瀬原淳子、飯田敦夫）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 再生増殖制御学）
- 再生免疫学分野（河本宏、宮崎正輝、増田喬子）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 再生免疫学）
- 組織再生応用分野（戸口田淳也、吉富啓之）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 組織再生応用）
- 臓器・器官形成応用分野（中村達雄、角昭一郎）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 臓器・器官形成応用）
- 発生エピゲノム分野（多田高、中馬新一郎）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 発生エピゲノム）
- 胚性幹細胞分野（末盛博文）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 胚性幹細胞）
- 統合生体プロセス分野（近藤玄、廣田圭司、渡邊仁美）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 遺伝子改変動物学）
生命システム研究部門
- 生体分子設計学分野（開祐司、三浦重徳）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 生体分子設計学）
- 生体分子設計学分野（有馬祐介）
- 工学研究科（高分子化学専攻 医用高分子）
- ナノバイオプロセス分野（笠井倫志）
- 工学研究科（マイクロエンジニアリング専攻 ナノバイオプロセス）
- バイオメカニクス分野（安達泰治、井上康博、亀尾佳貴）
- 工学研究科（マイクロエンジニアリング専攻 バイオメカニクス）
医学研究科（医学・医科学専攻 バイオメカニクス）
生命科学研究科（高次生命科学専攻 生体適応力学）
- 発生システム制御分野（永樂元次）
- 工学研究科（高分子化学専攻 医用高分子）
- システムウイルス分野（小柳義夫、佐藤佳）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 感染病態学）
- 増殖制御システム研究分野（影山龍一郎、大塚俊之、小林妙子）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 細胞生物学）
- RNAシステム分野（大野睦人、北畠真、谷口一郎）
- 理学研究科（生物科学専攻 生物物理学系）
- 生体膜システム分野（秋山芳展、森博幸、檜作洋平）
- 医学研究科（医学・医科学専攻 腫瘍ウイルス生物学）
理学研究科（化学専攻 生体分子動態化学）
- 組織恒常性システム分野（豊島文子、松村繁、小田裕香子）
- 生命科学研究科（高次生命科学専攻 細胞増殖統御学）
附属感染症モデル研究センター
- 霊長類モデル分野（三浦智行）
- 人間・環境学研究科（相関環境学専攻 自然環境動態論講座 生物環境動態論ウイルス多様性科学）